Mengembangbiakkan tiram yang resisten terhadap virus herpes
03 Mei 2021
Sebuah proyek yang menggunakan penanda genetik telah mengidentifikasi perbedaan keluarga pada tiram Pasifik yang dibudidayakan untuk ketahanan terhadap virus herpes. Dua penanda genetik menjelaskan sekitar setengah dari variasi genetik untuk bertahan hidup melawan virus. Pengetahuan tersebut dapat membantu industri memilih tiram secara efisien dan efektif untuk meningkatkan kelangsungan hidup.
Latar Belakang
Tiram Pasifik ( Crassostrea gigas ) adalah spesies kerang yang sangat penting, terhitung sekitar 98 persen dari budidaya tiram global . Penyakit menular merupakan ancaman yang signifikan bagi produksi berkelanjutan, dengan kerugian ekonomi yang tinggi akibat kematian.
Ostreid herpesvirus tipe 1 ( OsHV-1 ) sangat menular, dengan siklus hidup yang relatif singkat dan dapat menyebabkan kematian hingga 100 persen pada tiram yang terinfeksi. Tiram muda (2–5 cm / 5-20 g) jauh lebih rentan dibandingkan tiram dewasa (> 5 cm /> 20 g). Wabah ditandai dengan berkurangnya aktivitas makan dan berenang, bersama dengan kematian tinggi yang tiba-tiba. Virus OsHV-1 dapat menginfeksi beberapa spesies kerang lainnya - termasuk kerang biru, tiram datar Eropa, kerang baji, dan kerang raja - menunjukkan kekuatan dan kemampuan adopsi OsHV-1 dalam berbagai jenis inang, dan membuatnya sangat mengancam setelah terdeteksi dalam sistem. .
Gen yang mempengaruhi kelangsungan hidup
Analisis, oleh para ilmuwan dari Nofima dan Ifremer, menemukan perbedaan keluarga untuk resistansi terhadap virus OsHV-1 . Oleh karena itu, beberapa keluarga menunjukkan kelangsungan hidup yang lebih baik daripada yang lain dan pemilihan individu (sebagai orang tua dari generasi berikutnya) dari keluarga yang resisten dengan menggunakan penanda genetik secara efisien akan meningkatkan kelangsungan hidup melawan wabah OsHV-1.
Hasil yang dihasilkan dalam studi ini adalah bagian dari proyek VIVALDI yang didanai Uni Eropa (program H2020, n ° 678589). Populasi tiram dihasilkan oleh persilangan F 2 spesifik , yang berasal dari inti perkembangbiakan Ifremer, di Prancis, dengan mencampurkan kakek-nenek yang resisten dan rentan. Studi ini memanfaatkan kesempatan pengambilan sampel setelah wabah lapangan alami OsHV-1 di laut.
Pendekatan
Pada akhir wabah OsHV-1 , sampel jaringan yang dikumpulkan dari orang mati dan individu yang masih hidup dipilih dalam jumlah yang sama, dalam upaya untuk meningkatkan kekuatan untuk mendeteksi penanda genetik yang mempengaruhi kelangsungan hidup melawan virus . Kerang yang dipilih diberi genotipe menggunakan 40.000 susunan polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) (Thermo-Fisher, AXIOM). Data (fenotipe kelangsungan hidup dan genotipe) dianalisis untuk mendeteksi penanda SNP dan / atau lokus sifat kuantitatif (QTL) yang terkait dengan kelangsungan hidup terhadap OsHV-1 , yang mengarah pada deteksi dua daerah genom yang signifikan.
Dampak
Kedua penanda (penanda teratas dari setiap wilayah) menjelaskan sekitar 50 persen variasi genetik untuk bertahan hidup melawan OsHV-1, dan oleh karena itu dapat membantu industri untuk memilih tiram secara efisien dan efektif untuk meningkatkan kelangsungan hidup melawan OsHV-1 . Dampak dari penanda yang terdeteksi serupa dengan penanda yang diidentifikasi terhadap penyakit cardio (CMS) dan pankreas (PD) pada salmon Atlantik, yang sekarang digunakan / diadopsi sebagai penanda / produk QTL dalam industri budidaya salmon. Oleh karena itu, penanda QTL yang diidentifikasi untuk bertahan hidup melawan OsHV-1 memiliki potensi yang kuat untuk industri tiram Pasifik.
Jean-Baptiste Lamy, seorang ilmuwan dari Ifremer, sangat senang dengan temuan tersebut. Ia berpikir bahwa hasil studi tentang variasi genetik, dan temuan QTL yang menjelaskan proporsi besar dari varian genetik, akan meyakinkan perusahaan pembibitan tiram untuk menerapkan program pemuliaan yang dirancang lebih hati-hati, dan menguji lanjutan - tetapi relatif padat modal dan efisien - solusi, seperti bantuan penanda dan / atau pemilihan genom. Selain itu, hasil dari penelitian ini harus menginspirasi penelitian lebih lanjut tentang penyakit kompleks lainnya yang disebabkan oleh Vibrio aesturianus, dan para infeksi simultan antara virus dan bakteri, yang mengancam produksi tiram global.